Markdown 的语法有个主要的目的：用来作为一种网络内容的写作用语言。
Markdown 不是要来取代 HTML，甚至也没有要和它相似，它的语法种类不多，只和 HTML 的一部分有关系，重点不是要创造一种更容易写作 HTML 文档的语法，我认为 HTML 已经很容易写了，Markdown 的重点在于，它能让文档更容易阅读、编写。HTML 是一种发布的格式，Markdown 是一种编写的格式，因此，Markdown 的格式语法只涵盖纯文本可以涵盖的范围。
不在 Markdown 涵盖范围之内的标签，都可以直接在文档里面用 HTML 撰写。不需要额外标注这是 HTML 或是 Markdown；只要直接加标签就可以了。
只有区块元素──比如<div>、<table>、<pre>、<p>等标签，必需在前后加上空白，以利与内容区隔。而且这些（元素）的开始与结尾标签，不可以用 tab 或是空白来缩排。Markdown 的产生器有智能判断，可以避免在区块标签前后加上没有必要的 <p> 标签。
举例来说，在 Markdown 文档里加上一段 HTML 表格：
This is a regular paragraph.
<table>
<tr>
<td>Foo</td>
</tr>
</table>
This is another regular paragraph.
请注意，Markdown 语法在 HTML 区块标签中将不会被进行处理。例如，无法在 HTML 区块内使用 Markdown 形式的*强调*。
HTML的区段标签如<span>、<cite>、<del>则不受限制，可以在 Markdown 的段落、列表或是标题里任意使用。依照个人习惯，甚至可以不用Markdown格式，而采用HTML标签来格式化。举例说明：如果比较喜欢 HTML的<a>或<img>标签，可以直接使用这些标签，而不用Markdown提供的链接或是图片标示语法。
HTML 区段标签和区块标签不同，在区段标签的范围内， Markdown 的语法是有效的。